Christian Münker machte seinen Abschluss als "Diplomingenieur der Elektrotechnik" 1993 an der RWTH Aachen. Bis 1996 entwickelte er Analog ASICs für kapazitive Sensoren bei der Gesellschaft für Mikroelektronikanwendung Chemnitz (Gemac). Von 1996 - 1997 beschäftigte er sich mit dem Entwurf und der Verifikation von Mixed-Signal Building Blocks im Münchner Entwicklungzentrum von Plessey Semiconductors.

Von 1997 - 2007 arbeitete er bei Infineon Technologies München vor allem in der Entwicklung von HF PLLs für den Mobilfunk. Neben dem Schaltungsdesign beschäftigten ihn dabei Entwurfsmethodik und Konzepte für Test und Selbstabgleich von Mixed-Signal ICs. Parallel dazu arbeitete er von 2003 bis 2010 an seiner Promotion mit dem Thema spektraler Selbsttest von PLLs.

Seit 2007 ist er Professor an der Hochschule München mit den Lehrgebieten Analoge Schaltungsentwicklung und Digitale Signalverarbeitung. Er ist seit 1998 Mitglied des IEEE und hat acht Patente bzw. Patentanmeldungen.